若患者囊肿直径小于5厘米，又不能证明是肿瘤，多为生理性卵巢囊肿。绝大多数生理性卵巢囊肿即使在未经治疗，也会随时间推移自行消退。当囊肿发生破裂，但出血量较小时，可以使用止血、抗感染的药物治疗。若卵巢囊肿较大，达到或超过5厘米，就需要采用手术治疗的方式取出囊肿，并予以药物治疗。无论是生理性囊肿还是病理性囊肿，都需要定期复诊，观察卵巢囊肿是否发生改变。