怀孕发生自然流产与染色体异常有关，也与黄体功能不全、甲状腺功能低下、泌乳素分泌增加等因素有关。若是患有多囊卵巢综合征、糖尿病、子宫肌瘤、子宫畸形、生殖道感染等疾病，也容易引起自然流产的发生。怀孕发生自然流产还考虑是宫颈机能不全、Asherman综合征等疾病导致。另外，如果孕期经常吸烟喝酒，或是经常饮用浓茶、咖啡，接触有毒有害物质，也多会引起自然流产。