肛门湿疣的体积较小且数量较少时，可以先使用苯酚、三氯乙酸或者二氯乙酸等药物来治疗，其具有腐蚀的作用。如果湿疣的体积较小且分布较为分散，还可以入院进行物理治疗，比如液氮冷冻、光动力、微波、电离子以及激光等，也可以入院进行免疫治疗来灭活感染组织里面的hpv病毒。出现单个疣赘，还可以通过结扎法治疗来去除疣体。单发面积大的肛门湿疣可以通过手术来切除。