肠结核可以通过肠镜检查进行确诊，患有肠结核，一般情况下可以看出回盲部肠粘膜出现炎症以及溃疡，也有的患者会有炎症性息肉或者是肠腔狭窄等情况。其次，也可以通过活检组织进行病理检查，如果找到干酪样肉芽肿或者是抗酸性染色阳性杆菌，再结合肠结核的病史特点以及自身临床症状等，则可以做出诊断；此外，还可以通过检查血常规以及红细胞沉降率等，也有助于诊断肠结核。