慢性肠炎可能是细菌、真菌或者寄生虫感染引起的，要明确病因，根据病因进行针对性的治疗。如果是细菌感染引起的，可以使用抗生素的药物进行治疗，如红霉素、庆大霉素等。如果是真菌感染引起的，可以使用制菌霉素。如果是寄生虫感染引起的，可以使用吡喹酮。如果出现严重的腹泻，可以遵医嘱使用蒙脱石散来止泻。如果出现腹痛、腹泻等现象，需要对症的使用解痉镇痛的药物，如阿托品。