肛门发酸可能是便秘、痔疮、直肠炎、肛窦炎以及直肠息肉等疾病引起，可以入院进行直肠指检以及直肠镜检查来诊断病因。如果确诊为肛窦炎，则可能是细菌感染、肛瓣受损、肛窦内腺体引流不畅等因素引起，也可能是长期食用辛辣刺激的食物诱发，患者还会出现排便不尽感、肛门瘙痒、肛周疼痛以及肛周坠胀感等症状。如果正处于急性的急性期，可以用甲硝唑药物进行保留灌肠，肛窦内出现化脓的现象时，要进行肛窦切开引流手术治疗。