运动康复师证发证机构主要包括以下几类：

1、政府部门：各国政府通常会设立专门的部门或机构来负责运动康复师证书的发放和管理，美国的运动医学会(ACSM)、欧洲康复医学会(EFSR)等；中国的国家卫生健康委员会、国家体育总局等，这些政府部门颁发的运动康复师证书具有较高的权威性和认可度。

2、专业协会：各国家和地区的运动康复师专业协会也是运动康复师证书的重要发证机构，这些协会通常由从事运动康复工作的专业人士组成，具有一定的行业影响力，美国的美国运动医学协会(ACSM)、欧洲康复医学会(EFSR)等；中国的中华医学会运动医学分会、中国康复医学会等，这些协会颁发的运动康复师证书在业界具有较高的认可度。

3、高等院校：一些高等院校的体育学院、康复医学院等也会开设运动康复相关的专业课程，并颁发相应的学位证书，这些证书在一定程度上可以证明申请人在运动康复领域的专业素养和能力，美国的约翰霍普金斯大学公共卫生学院、英国伦敦大学学院等；中国的北京体育大学、上海体育学院等。

4、企事业单位：一些企事业单位也会设立专门的康复中心或部门，招聘具备运动康复师证书的专业人士，这些单位颁发的运动康复师证书在实际工作中具有一定的权威性，美国的奥林匹克康复中心、欧洲的巴塞罗那足球俱乐部康复中心等；中国的阿里巴巴集团、腾讯公司等。

5、培训机构：一些专业的运动康复培训机构也会提供运动康复师培训课程，并颁发相应的证书，虽然这些证书的权威性和认可度相对较低，但对于初学者来说，通过系统学习仍然可以掌握一定的运动康复知识和技能，美国的ACE认证健身教练培训机构、中国的力美健运动康复培训机构等。

6、国际组织：一些国际性的组织也会参与到运动康复师证书的发放和管理中，世界卫生组织(WHO)下属的国际卫生条例委员会(ICH)制定了《国际卫生条例》，规定了运动康复服务的定义和实施标准；国际奥委会(IOC)也制定了《奥林匹克运动会参赛运动员医疗保健指南》，对运动员的康复治疗提出了明确要求，这些组织的证书在一定程度上可以证明申请人具备国际水准的运动康复知识和技能。

运动康复师证发证机构主要包括政府部门、专业协会、高等院校、企事业单位、培训机构和国际组织等，在选择运动康复师证书时，申请人可以根据自己的实际情况和需求，综合考虑各种机构的证书特点和优势，以确保所获得的证书具有较高的权威性和认可度，运动康复师应不断提升自己的专业素养和能力，以更好地服务于运动康复领域的发展。