心理咨询师证书发放机构是指负责管理和发放心理咨询师资格证书的政府部门或专门机构，在中国，心理咨询师证书发放主要由以下几个部门管理：

1、人力资源和社会保障部(简称人社部):人社部是中华人民共和国国务院组成部门之一，负责制定和实施国家职业资格证书制度，根据《中华人民共和国职业技能法》和相关规定，人社部负责心理咨询师职业资格的认证和管理，人社部设立了职业技能鉴定中心，负责组织和实施心理咨询师职业技能鉴定工作，包括考试、培训、证书颁发等。

2、国家卫生健康委员会(简称卫健委):卫健委是中华人民共和国国务院组成部门之一，负责制定和实施国家卫生和健康政策，根据《中华人民共和国心理健康法》和相关规定，卫健委负责心理健康服务的监管和管理，卫健委下设的心理健康司负责指导和协调全国心理健康服务工作，包括心理咨询师的培训、资质认证等。

3、各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局):各级人社厅(局)在人社部的指导下，负责本行政区域内心理咨询师职业资格的认证和管理，各级人社厅(局)设立了职业技能鉴定所，负责组织和实施心理咨询师职业技能鉴定工作，包括考试、培训、证书颁发等，各级人社厅(局)还负责本行政区域内心理咨询师的培训、资质认证等工作。

4、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会(简称卫健委):各级卫健委在卫健委的指导下，负责本行政区域内心理健康服务的监管和管理，各级卫健委下设的心理健康处负责指导和协调本行政区域内心理健康服务工作，包括心理咨询师的培训、资质认证等，各级卫健委还负责本行政区域内心理咨询师的培训、资质认证等工作。

5、中国心理学会(简称心理学会):中国心理学会是一个全国性的专业学术组织，负责推广和发展心理学事业，提高心理学研究和应用水平，心理学会下设的心理咨询专业委员会负责组织和实施心理咨询师的专业培训、资质认证等工作，心理学会还积极参与国际心理学界的交流与合作，推动中国心理学事业的发展。

6、其他相关机构：除了上述部门外，还有一些其他相关机构参与心理咨询师证书发放工作，教育部门负责组织和管理心理咨询师教育培训工作；公安部门负责对心理咨询师从事违法犯罪活动的查处；市场监管部门负责对心理咨询行业的监管和管理等。

心理咨询师证书发放机构涉及多个部门，各部门之间相互协作，共同推动心理咨询师职业发展和社会心理健康服务水平的提高。