保健针灸师证是由国家卫生健康委员会颁发的，是国家承认的专业技能人才证书，保健针灸师证的发放机构是各省、自治区、直辖市卫生健康委员会，具体发证流程如下：

1、报名参加保健针灸师培训课程，保健针灸师培训课程通常由各省、自治区、直辖市的卫生健康委员会或其指定的培训机构组织，学员需要在规定时间内完成培训课程并通过考核。

2、参加保健针灸师考试，保健针灸师考试通常分为理论考试和实践操作考试两部分，考生需要在规定时间内完成考试并达到合格分数线。

3、提交申请材料，考生在通过考试后，需要向所在省、自治区、直辖市卫生健康委员会提交相关申请材料，包括个人简历、身份证明、学历证明、培训证书等。

4、领取保健针灸师证，经过审核后，卫生健康委员会会为符合条件的考生颁发保健针灸师证，并将其登记在国家卫生健康委员会网站上供社会查询。

需要注意的是，不同省份的保健针灸师证发放机构可能会有所不同，具体情况可以咨询当地的卫生健康委员会或相关培训机构，保健针灸师证的有效期一般为5年，过期后需要重新参加培训和考试并重新获得证书。