大部分慢性肠炎的患者经过积极的治疗能够治愈，一般不会发生癌变，如果长期不进行治疗，有癌变的可能性，此病主要是病原体感染导致的，可以在医生的指导下进行抗感染治疗，细菌感染可以口服诺氟沙星胶囊、硫酸庆大霉素片等，寄生虫感染者可以口服吡喹酮片，真菌感染者可以口服制霉素片，腹泻严重者可以服蒙脱石散，腹痛严重者可以口服硫酸阿托品片、消旋山莨菪碱片等，呕吐者可以口服甲氧氯普胺片。