在临床上，菌群失调的程度可分为三度，当发生一度失调的时候，大多数患者是没有明显临床表现的，只有通过细菌定量检查，才能够观察到其的变化，正常在诱因停止了之后，可以达到自愈的效果；菌群二度失调时，患者主要临床表现就是患有咽峡炎、慢性口腔炎、肾盂肾炎以及肠炎等疾病；而发生三度菌群失调时，由于大部分正常的菌群被抑制，只有少数的优势菌，患者就会出现急性的临床表现，例如真菌性肠炎、抗菌药物相关性伪膜性肠炎等。