肛门半夜奇痒可能是肛门瘙痒症引起，这种疾病可能是饮食不当所致，比如长期食用浓茶、咖啡、巧克力或者辛辣食物，也可能是过敏、不良的卫生习惯、长期运用抗生素药物、肛周炎热多汗以及体内有寄生虫等因素引起，也可能是生殖器疣、肛门失禁或者肛乳头肥大等疾病所致。肛门瘙痒症患者可以通过口服抗组胺以及外用含薄荷的乙醇制剂进行治疗，症状严重者还可以运用3%普鲁卡因进行封闭治疗。