孩子在起床后咳嗽严重，应该针对病因积极治疗。如果是由于细菌感染所致，在医生的指导下使用青霉素或头孢菌素等抗生素积极治疗，配合使用止咳的药物缓解症状；当确诊为过敏性咳嗽时，使用氯雷他定、西替利嗪等抗组胺药物积极进行抗过敏治疗，配合使用支气管扩张剂缓解症状；当确诊为肺结核后，遵医嘱使用异烟肼、链霉素、利福平等抗结核的药物积极治疗。