真菌性角膜炎可以使用具有抗真菌效果的眼药水，例如氯霉素滴眼液、氟康唑滴眼液等，也可以服用匹马霉素、两性霉素B等抗真菌类的药物来进行治疗。其次，若是患者并发虹膜睫状体炎等疾病，也可以使用阿托品滴眼剂等药物来缓解病症，如果一般用药治疗效果比较差，必要时也可以进行清创术、结膜瓣遮盖术或者角膜移植术来进行治疗。平时要保证眼部的清洁卫生。