一旦被检查出肛瘘需要及时治疗，不能不进行治疗，若不及时治疗，反复发作容易增加癌变的风险。一般处于间歇期和发作期的时，可以外用金黄膏，还可以使用高锰酸钾温水坐浴，继发感染时则需要遵医嘱使用抗生素进行治疗，大多数情况下需要及时进行手术治疗，但是术后仍然存在复发的可能性。患者每次排便后需要保持肛周的清洁，避免久坐，多吃些新鲜的瓜果蔬菜，定期复诊。