小便时尿道疼痛若是尿道炎或是膀胱炎引起的，可给予抗生素口服治疗，如左氧氟沙星、头孢呋辛、阿莫西林等。若是尿道结石或是膀胱结石引起的尿道疼痛，平时可以多饮水，多做跳跃运动，结石比较大的可行激光碎石或是镜下取石手术治疗。小便时尿道疼痛还有可能是泌尿系统肿瘤疾病导致的，这种情况可行手术治疗，若是恶性肿瘤，还可配合放化疗等方法治疗。