囊肿可能会影响月经，但是囊肿的影响主要根据其发病部位、囊肿大小以及囊肿性质来判断。囊肿多见于肾囊肿、垂体囊肿、卵巢囊肿、甲状腺囊肿、粘液囊肿等。如果是垂体或者是神经等位置出现的囊肿，多会因为囊肿影响神经系统，影响到内分泌引起月经不调，或是囊肿生长在卵巢，而且较大，也会影响卵巢功能影响月经。患有囊肿要先进行检查，判断性质，再根据囊肿位置以及性质和大小等来判断是否要进行手术来切除治疗。