首先，克罗恩病和溃疡性结肠炎的病变位置有所不同，患有溃疡性结肠炎的患者，病变位置一般是从结肠的远端连续向近端发展，通常不会侵及小肠；而患有克罗恩病的患者，病变一般呈节段性、多发性发展，可能会累及回肠和结肠，但是很少会累及直肠。其次，这两种疾病的粘膜变化也存在差异性，溃疡性结肠炎的患者，粘膜会呈粗糙颗粒状；克罗恩病患者，一般呈鹅卵石样裂隙样溃疡。