三个月宝宝是可以吃益生菌的，益生菌不属于药物，是对人体有益的活性微生物。婴儿服用益生菌后，益生菌可以调节胃肠道内菌群以及消化系统免疫功能，保持肠道的健康，促进营养吸收。三个月宝宝适当服用益生菌可以改善便秘、腹泻、消化不良等情况，但是不要胡乱的给孩子服用益生菌，需要在医生指导下合理的使用。如果胡乱给孩子服用益生菌，反而不利于肠道免疫调节功能。