甲硝唑可能引起胃肠道反应，出现恶心、呕吐、食欲不振、腹痛等症状，通常患者可以自行缓解消失，无需特殊的治疗干预；部分患者可能出现神经系统症状，例如头痛、眩晕、感觉异常、肢体麻木等，严重的可能出现抽搐和诱发多发性神经炎。少数患者可能对甲硝唑过敏，使用后会出现过敏症状，表现为皮肤瘙痒、红疹等，停止用药后缓解，症状严重的患者考虑更换其他药物使用。