长期服用当归苦参丸可能会对肾脏造成损伤，脾虚的患者吃当归苦参丸可能会诱发头晕、心率增快、恶心呕吐等不良反应。大剂量的服用当归苦参丸还可能会导致嗜睡、疲倦、呼吸急促等副作用。当归苦参丸有祛湿凉血的功效，患者出现粉刺、疥疮、痤疮、湿疹、酒糟鼻等疾病的时候，可以在医生的指导下用当归苦参丸治疗。湿热体质的患者服用当归苦参丸也有改善症状的功效。