怀孕三个月腰疼考虑和以下几种原因有关：一、先兆流产。如果孕酮值偏低或者剧烈运动导致先兆流产，除了会出现小腹疼痛、阴道出血等症状，部分女性还会出现腰酸的表现。二、过度劳累。如果平时长时间坐着或者长时间保持一个姿势，缺乏锻炼，腰部肌肉过度疲劳，也会出现腰酸的症状。三、激素改变。女性怀孕后雌激素会增高，在雌激素的影响下，身体关系韧带松弛，从而出现腰疼的情况。