阿托品治疗近视副作用是可能会导致眼睛不舒服，比如部分患儿在使用阿托品滴眼液以后因为瞳孔散大会出现干眼症，会出现怕光、眼睛酸涩、眼睛有疲劳感、有异物感、近距离看东西模糊不清楚，还有少数人会出现眼底的损伤，对于生活和学习造成影响。低浓度的阿托品经过证实是可以延缓近视的，可以调节平滑肌，但是只适用于部分人，不是所有近视患者使用阿托品都会有效果。