短期服用新复方芦荟胶囊是没有副作用的，芦荟具有清热解毒、美容养颜、排毒通便、调节胃肠功能的作用，但不可长期服用，会产生一定的依赖性，会使肾脏排泄废物能力下降，食用过多会引起消化不良，出现恶心、呕吐、腹胀、腹泻等症状，大量服用新复方芦荟胶囊，也会使体内生成的含氨废物增多，加重肾脏负担，也会使肝脏解毒功能减退，导致患者面色发黄发黑。服用新复方芦荟胶囊时需在专业医师或者药师的指导下进行治疗。