十三价肺炎疫苗副作用通常会表现为发热、头痛、失眠、疲劳、食欲减退等，严重时还会出现关节酸痛，全身打寒颤，注射的部位出现局部结节、红肿、疼痛、皮疹等，部分注射者还会出现呕吐、腹泻的消化道的不良反应以及鼻塞、流涕等呼吸道不良反应，正常来说十三价肺炎疫苗的副作用是比较短暂的，随着注射疫苗的时间推移，以上症状会逐渐自行消失。另外，处于发烧感冒期间者，是不建议注射疫苗的，等到身体恢复之后再注射比较好。