肠镜检查相对于肛门镜检查来说要更痛苦，因为肛门镜长度只有8至10厘米，主要用来检查肛门及直肠下段，检查时间较短，可有轻微胀痛感。而肠镜可检查整个结肠，长度有1.5米，检查时间较长，腹部胀痛感较重，不过肠镜可分为普通肠镜与无痛肠镜，因为个人体质差异，部分痛觉敏感的患者可选择无痛肠镜，检查前需服用泻药清理肠道，而肛门镜检查前只需排净大便即可，检查比较方面和简单。