怀孕三个月肚子痛的原因有：一、生理性现象，随着胎儿的生长和发育，子宫的体积也会逐渐增大，从而牵拉或者压迫周围的组织，引起不适。二、先兆流产，如果子宫受到刺激或者人体的激素水平发生改变，就会导致流产，从而出现症状。三、胚胎停育，如果胎心消失，同时伴有阴道出血的现象，就需要考虑自然流产的可能。四、腹部受凉或者饮食不当，导致肠道痉挛，也可能出现疼痛。