临床上治疗慢性肠炎主要以抗菌、对症治疗为主，绝大多数情况下经过积极治疗后可能完全治愈。对于受到细菌、真菌或寄生虫感染的患者，需要在医生的指导下服用头孢菌素、红霉素、庆大霉素、呲喹酮、制菌霉素等药物进行治疗。当患者出现腹痛、肠痉挛、腹泻症状时，需要服用阿托品、山莨菪碱、蒙脱石散等药物，若患者出现低钾反应时，需要及时口服钾盐，对于存在肠道菌群失调的患者，可以使用双歧四联杆菌等药物进行治疗。