深呼吸肩膀疼考虑是患者本身有肩颈部位软组织损伤、炎症，当人体在深呼吸时肩膀以及颈部的肌肉会稍微提起，牵拉到肌肉时会使肩部软组织受损的部位出现疼痛感；也不排除是由于病人患有胸膜炎、肺结核、肺炎、心绞痛等疾病所致。建议患者可以去医院进行肺部CT、血常规、结核菌素试验等相关检查，明确原因，若患者是因结核分枝杆菌引起，可以遵医嘱使用抗结核类的药物进行治疗。