导致儿童指甲凹凸不平的原因有很多，主要包括以下几个方面。一是儿童有啃咬指甲的坏习惯导致的指甲凹凸不平。二是儿童营养不良，尤其是缺乏钙和锌等微量元素导致的。三是指甲发生真菌感染引起的。如果是缺乏钙和锌导致的，建议家长平时可以多给孩子补充富含钙和锌的食物，比如牛奶、大豆、海鲜、瘦肉等。如果是真菌感染引起的，可以选用伊曲康唑或者特比萘芬进行治疗。