有可能导致患者出现晨起时口苦口干的原因较多，其中比较常见的是口腔黏膜干燥综合征，患者由于唾液腺功能受损，最典型的症状为唾液量明显减少，味觉出现障碍，引起口干、口苦。部分患有胃食管返流症的患者，由于胃酸反流至食管，也会出现该症状。如果患者患有根尖周炎、牙龈炎或智齿冠周炎等，也可引起该症状。此外，患有胆汁反流症，也有可能出现晨起时口苦口干的症状。