牙齿根部发黑的主要原因，考虑是患者存在牙结石，一般多数人牙颈部与牙龈之间会有牙龈沟，当患者吃饭后没有仔细的进行清洁牙齿，会让一些食物残渣留在牙龈沟内，长时间会出现菌斑，变成软垢，当牙菌斑与软垢发生钙化，就会变成牙结石，一般的牙结石是呈现为灰黑色的，当患者牙龈比较薄，会使患者看着像根部发黑，另一个情况是牙颈部发生了龋坏，导致牙齿组织已经腐败发黑，并且也会透过牙龈看见，所以患者看着是黑色。