小儿甲状腺功能减低症可能会引起不可逆的脑损伤，所有一旦确诊，需要积极治疗。新生儿先天性的甲状腺功能低下可以使用左甲状腺素钠片进行治疗，以恢复正常的甲状腺功能。获得性的甲低，如果没有症状并且甲状腺功能正常，可以不用治疗，多数都会自行缓解。如果伴有甲状腺肿大且促甲状腺激素升高或是甲状腺素低下的患者，建议使用L-甲状腺素进行治疗。另外，治疗期间，应避免食用含铁丰富及含维生素的食物。