对于病情程度较轻，巧克力囊肿的体积较小，全身也没有发生明显症状的患者，比较容易治疗，且治疗有较好的效果；但对于病情程度较为严重，巧克力囊肿的体积较大，对卵巢功能及生育力造成持续性破坏或者是巧克力囊肿发生恶变的患者，治疗比较困难，且治疗后复发率很高。患者可以通过口服避孕药、高效孕激素、促性腺激素释放激素等药物进行治疗，囊肿体积较大的患者可以手术切除。