低聚果糖有防治便秘和腹泻的功效，它是一种水溶性膳食纤维，能很好的被肠道吸收利用，可以抑制有害菌生长，减少有害物质形成，起到保护肠粘膜的作用。低聚果糖还不会引起肥胖，可以降低血清胆固醇、甘油三脂、游离脂肪酸数量，对心血管疾病具有改善作用。低聚果糖还具有预防龋齿的作用，因此它不易被口腔菌群所利用。另外，它还可以促进生长发育、防止骨质疏松症的发生，对面疮、黑斑、雀斑、青春痘、老人斑等皮肤病，起到预防和改善作用。