怀孕三个月肚子疼考虑可能是平时没有做好腹部保暖措施导致的，也可能是怀孕后，子宫增大，压迫到周围脏器引起的，一般不用进行特殊处理，平时注意多休息，避免过度劳累。排除以上原因后，若女性还出现阴道流血的情况，则考虑可能出现了流产，应及时去医院进行血HCG和孕酮检查明确。如果女性平时吃了不干净的食物，出现急性肠胃炎，也会导致肚子疼，需要去医院治疗。