病毒性脑干脑炎以对症治疗、支持治疗以及预防并发症治疗为主，首先需要使用抗病毒药物来缩短病程，比如抗微小核糖核酸病毒药物、免疫抑制剂。其次患者会出现头痛的症状，使用布洛芬来治疗。患者出现脑水肿的现象时，需要使用甘露醇来降低颅内压，一旦患者出现癫痫发作的现象，则要使用卡马西平、苯妥英钠等药物来治疗。病毒性脑干脑炎患者还应适当的进行运动，保持饮食多样化，忌食油腻难消化的食物。