进行小针刀操作时，手法得当一般不会出现明显的副作用。但是部分患者病症比较复杂，手术时操作不当，会引起神经、血管受损。因为小针刀手术是一种非直视下的刺入性手术，在看不见具体情况的状态下进行操作，手术中风险相对较高。例如患有腰椎间盆突出，患者椎间盆突出会对神经根造成压迫，需要通过小针刀手术松解骨质。进行小针刀手术时，操作不当就会导致其他软组织受损、局部神经血管受损。局部有淤血还会引起皮下组织黏连，不利于恢复。