小脚趾肿痛的原因可以分为感染性和非感染性两种。感染性原因主要是局部有细菌感染，比较常见的是甲沟炎，早期可以用抗生素进行治疗，如果后续出现了波动感，患者还需要做切口引流。非感染性因素包括外伤、慢性无菌性炎症等。外伤主要是外力挤压，慢性无菌性炎症包括风湿性疾病性关节炎、类风湿性关节炎、痛风性关节炎等。建议患者及时去医院完善血生化、磁共振、X线等检查，明确诊断。