婴儿畸形的病因较为复杂，最主要的原因是染色体异常所致，当体内染色体数目增加、减少或部分基因序列重合，都会导致胎儿畸形。如果母亲在怀孕期间，感染上巨细胞病毒、风疹病毒、水痘病毒，也会诱发胎儿畸形，另外，接触到放射线、母亲存在慢性疾病，都属于婴儿畸形的高危诱发因素。孕期应注意定期参加产检，避免接触苯、铅、汞等化学制剂，也不宜接受核磁共振检查。