引起怀孕三个月流产的原因有很多，一是染色体异常，胚胎染色体异常引起的流产占总体的百分之五十到六十，这些情况在孕早期即使不自然流产，后期检查出问题也要通过药物或手术的方法终止妊娠。二是母体因素，如果孕妇患有存在疾病，也可能引起胎儿流产，如阴道炎、风疹、贫血、高血压、慢性肾炎、甲状腺功能减退、内分泌失调等。三是环境因素，如果女性在怀孕期间接触有毒有害的物质，也可能出现自然流产的情况。