咳嗽三个月了一直不好，首先怀疑是患有胃食管返流症、鼻炎，以及生活在有粉尘的环境等因素导致患者咽喉长期受刺激。也可能是慢性支气管炎引起，由于长期吸烟，接触病毒、病菌或者患者免疫功能下降等导致。也可以怀疑是咳嗽变异性哮喘或者过敏性哮喘引起，由于体内携带该疾病的基因，或者患者长期接触致病因或者过敏原导致。此外也可以怀疑是患有肺部肿瘤，可能还会伴随咳血、胸痛、明显的消瘦等症状。建议去医院做胸部CT、胃镜等检查，来确定病因，进行治疗。