怀孕40天可以使用人工和药物流产，各有利弊。使用药物流产对身体的损伤较小，流产过程中没有器械进入到子宫内，不会对子宫内膜造成额外的损伤，但是药物流产容易出现宫内残留的现象，需要再次进行清宫手术。而人工流产对身体的损伤相对较大，容易伤到子宫内膜，还会造成感染、穿孔、不孕等严重的并发症。但是人工流产的安全性较高，一般不会出现宫内残留的情况。流产后注意个人卫生，补充足够的营养。