造成不明原因低烧的三大疾病主要包括免疫系统疾病、感染性疾病以及肿瘤疾病。免疫系统疾病主要是指人体自身的免疫功能失调而引发的低热，比较常见的有血管炎、皮肌炎、系统性红斑狼疮等。感染性疾病通常可以分为细菌感染、病毒感染、结核菌感染或者其他各种类型的病原体感染，也可以根据感染部位不同分为骨关节感染、中枢系统感染、腹腔感染、肺部感染等。而肿瘤包括脏器的肿瘤，也包括血液系统的肿瘤。以上三大疾病，都可以造成不明原因的发烧。