支原体肺炎和衣原体肺炎的致病因素是不同的，支原体肺炎主要是肺炎支原体感染造成的，而衣原体肺炎主要是由衣原体感染造成的。其他没有太大区别，两者的症状相似，大多会出现发热、咳嗽的症状，但衣原体肺炎的症状一般比较轻。治疗方法也比较相似，主要是应用大环内酯类抗生素来治疗，比如阿奇霉素、罗红霉素、多西环素、红霉素等。两种肺炎都比较好治疗，多数病程在1-2周左右。