克罗恩病早期，患者通常会出现间歇性腹泻的症状，常呈糊状便，大多不存在肉眼脓性。而到了后期，就会转变为持续性腹泻，如果累及到直肠、肛门等部位，则可能会出现黏液脓血便。并且，患者也可能会出现腹痛以及发热、营养不良等全身症状。由于克罗恩病与免疫系统有关，可能会累及身体的各个系统，出现口腔溃疡、虹膜睫状体炎、坏疽性脓皮病、慢性活动性肝炎等情况。