服用灵芝孢子粉的时候最好不要使用热水进行冲服，应用温水进行冲服，热水可能会破坏孢子粉中的活性物质。其次容易过敏的人最好不要食用灵芝孢子粉，以免诱发过敏反应，出现皮疹、皮肤瘙痒等症状。脾胃功能较差的人也不宜食用，其食用后可能会出现头痛头晕、恶心呕吐等症状。灵芝孢子粉还具有一定改变凝血功能的作用，女性月经期间不宜食用，以免出现月经淋漓不尽的现象。