男性不孕症的患者病因主要包括患者的先天因素，比如Y染色体缺如、睾丸发育异常、隐睾、纤毛不动综合征、XYY综合征、先天性输精管缺如以及Klinefelter综合征等。内分泌异常主要是因为患者的促性腺激素合成或者分泌功能障碍。感染因素有睾丸炎、精液慢性感染、感染引起的输精管梗阻以及感染所导致的患者精液量降低。免疫因素是因为患者发生抗精子免疫反应所致。以及部分性功能障碍的患者，比如性欲减退、射精功能障碍等。