新生儿睡觉咳嗽两声的原因有很多。首先，可能是由于宝宝的鼻腔分泌物倒流，使咽部受到刺激，从而引发咳嗽的症状。其次，也可能是由于宝宝痰液吞咽不及时胡子和咽口水不及时的情况所致。而当宝宝吃奶时吸入了大量空气或者咽喉部位存在异物时，也会出现咳嗽的症状。另外，还可能是由于宝宝存在毛细支气管炎等疾病所致。通常症状较轻的情况下，不需要进行特殊处理，但如果出现异常症状，就需要及时去医院检查治疗。