怀孕期间检查出囊肿，治疗方法与患病部位及囊肿大小等有关，若是位于附件区，多属于生理性囊肿，如黄体囊肿，并不用特殊治疗，怀孕满三个月后可以慢慢自行消失。若是超过三个月没有自愈，考虑是卵巢囊肿，若是囊肿较小，且没有明显不适症状，也可以先观察不治疗；但若囊肿较大，出现明显腹痛症状，考虑是受到卵巢囊肿扭转影响造成的，确诊后需要入院通过手术的方法治疗。